Nous présentons ici les différents laboratoires et équipes de recherche affiliés au groupe Bioss, par ordre alphabétique sur les villes.

Bordeaux

• Inria, Équipe Pleiade
  Contact : David Sherman
  Domaine : Systèmes dynamiques - Réseaux métaboliques - Écologie des systèmes - Génomique comparée - Optimisation combinatoire - Géométrie computationelle - Gestion de connaissances
  Tutelles : Inria - INRAE - CNRS
  URL : https://team.inria.fr/pleiade
• LaBRI, Équipe Image et Son
  Contact : Marie Beurton-Aimar
  Domaine : Analyse et visualisation de réseaux métaboliques, modélisation et simulation multi-agents, et apprentissage.
  url : http://www.labri.fr/index.php?n=ImageSon.ImageSon
• LaBRI, Département Méthodes Formelles
  Contact : Loïc Paulevé
  Domaine : Réseaux booléens, synthèse de modèles formels, programmation logique, reprogrammation cellulaire
  Tutelles: Univ Bordeaux, CNRS (INS2I), Bordeaux INP
  url : https://www.labri.fr/methodes-et-modeles-formels

Évry

• IBISC, Équipe COSMO
  Contact : Franck Delaplace
  Domaine : Modèles concurrents, réseaux de Petri, réseaux booléens, langages de modélisation et de programmation
  Tutelles: Université Paris-Saclay
  url : https://www.ibisc.univ-evry.fr/cosmo

Grenoble

• INRIA, Équipe IBIS
  Contact : Hidde de Jong
  Domaine : Biologie systémique et synthétique bactérienne, intégration de données, systèmes dynamiques, théorie du contrôle, modèles stochastiques d'expression génique et de populations analyse et simulation numériques
  Tutelles: Inria, Université Grenoble Alpes, CNRS
  url : http://team.inria.fr/ibis
• TIMC-IMAG, Équipe BCM
  Contact : Éric Fanchon
  Domaine : Modèles discrets, programmation logique, systèmes dynamiques continus et hybrides
  url : http://www-timc.imag.fr/rubrique44.html

Jouy en Josas

• INRAE, Unité MaIAGE
  Contact : Laurent Tournier
  Domaine : Systèmes dynamiques, iBiologie des Systèmes
  url : https://maiage.jouy.inra.fr

Lille

• CRIStAL, équipe BioComputing
  Contact : Cédric Lhoussaine
  Domaine : Analyse statique, Apprentissage, Réseaux métaboliques, Réseaux de réactions
  Tutelles: CNRS (INS2I), Université de Lille, Centrale Lille, IMT Lille Douai
  url : http://cristal.univ-lille.fr/BioComputing
• CRIStAL, Équipe Calcul Formel et Haute Performance
  Contact : François Boulier
  Domaine : Calcul symbolique
  Tutelles: CNRS (INS2I), Université de Lille, Centrale Lille, IMT Lille Douai
  url : http://cristal.univ-lille.fr/CFHP\

Lyon

• LBMC, Équipe SBDM
  Contact : Olivier Gandrillon
  Domaine : Prise de décision à l'échelle cellulaire
  url : http://www.ens-lyon.fr/LBMC/equipes/systems-biology-of-decision-making
  Tutelles: CNRS, ENS Lyon, Université de Lyon 1, Inserm
• LBBE, Équipe ERABLE
  Contact : Marie-France Sagot
  Domaine : Intégration de données, réseaux métaboliques
  url : https://team.inria.fr/erable/en/team-members
  Tutelles: Inria, CNRS, INSA Lyon
• LIP, Équipe MC2
  Contact : Nicolas Schabanel
  Domaine : Nanostructures ADN et Calcul moléculaire
  url : http://www.ens-lyon.fr/LIP/MC2
  Tutelles: ENS Lyon, CNRS, Université Lyon 1
• LIP, Équipe PLUME
  Contact : Russ Harmer
  Domaine : Modélisation à base de règles
  url : http://www.ens-lyon.fr/LIP/PLUME
  Tutelles: ENS Lyon, CNRS, Université Lyon 1
• LIRIS, Équipe BEAGLE
  Contact : Guillaume Beslon
  Domaine : Évolution artificielle, dynamique inter-cellulaire
  url : https://team.inria.fr/beagle/
  Tutelles: Inria, INSA Lyon, Université Lyon 1

Marseille

• I2M, Équipe GDAC
  Contact : Pierre Guillon
  Domaine : Systèmes dynamiques, pavages, automates cellulaires
  url : https://www.i2m.univ-amu.fr/Equipe-Geometrie-Dynamique-Arithmetique
• I2M, Équipe Mabios
  Contact : Élisabeth Remy
  Domaine : Modèles logiques, graphes biologiques, systèmes dynamiques discrets
  url : http://mabios.math.cnrs.fr
  Tutelles: AMU, CNRS, École Centrale Marseille
• LIS (UMR7020), Équipe CANA
  Contact : Sylvain Sené
  Domaine : Calcul naturel, systèmes dynamiques, réseaux d'interactions, automates cellulaires
  Tutelles: AMU, CNRS (INS2I)
  url : https://cana.lis-lab.fr
• MMG, Equipe NSBD
  Contact : Anaïs Baudot
  Domaine : Intégration de données, réseaux d’interactions biologiques multi-couches, analyse de données omiques
  Tutelles: AMU, INSERM
  url : https://www.marseille-medical-genetics.org/a-baudot
• MIO, Équipe EMBIO
  Contact : David Nerini
  Domaine : Systèmes dynamiques, systèmes lents-rapides, dynamique adaptative, analyse de données fonctionnelles
  url : http://www.mio.univ-amu.fr/?-Equipe-5-Ecologie-Marine-et-

Montpellier

• DIMNP, Équipe Biophysique théorique et biologie des systèmes
  Contact : Ovidiu Radulescu
  Domaine : Réduction de modèles
  Tutelles:
  url : https://lphi.umontpellier.fr/fr/les-equipes/biophysique-theorique-et-biologie-des-systemes

Nancy

• LORIA, Équipe CARTE
  Contact : Emmanuel Jeandel
  Domaine : Systèmes dynamiques, complexité, calculabilité
  url : http://carte.loria.fr/

Nantes

• IRCCyN, Équipe MÉFORBIO
  Contact : Olivier Roux
  Domaine : Modèles concurrents, réseaux d'interactions, formalisation des conniassances, programmation logique
  Tutelles: CNRS, Université de Nantes, Centrale Nantes, IMT Atlantique
  url : https://www.ls2n.fr/equipe/meforbio/
• LINA, Équipe COMBI
  Contact : Damien Eveillard
  Domaine : modèles écologiques, modèles métaboliques, analyse et modélisation statique, combinatoire.
  Tutelles: CNRS, Université de Nantes, Centrale Nantes, IMT Atlantique (partenaire INRIA)
  url : https://www.ls2n.fr/equipe/combi

Nice

• I3S, Équipe SPARKS
  Contact : Jean-Paul Comet
  Domaine : Réseaux discrets, méthodes formelles, vérification, systèmes dynamiques
  Tutelles: Université Côte d'Azur, CNRS (INS2I)
  url : http://www.i3s.unice.fr/sparks
• I3S, Équipe MDSC
  Contact : Enrico Formenti
  Domaine : Réseaux booléens, méthodes formelles, systèmes dynamiques, automates cellulaires
  Tutelles: Université Côte d'Azur, CNRS (INS2I)
  url : http://www.i3s.unice.fr/mdsc
• INRIA, Équipe BIOCORE
  Contact : Madalena Chaves
  Domaine : Modèles booléens, contrôle, réduction
  Tutelles: Inria
  url : https://team.inria.fr/biocore

Orsay

• LRI, Équipe BIOINFO
  Contact : Christine Froidevaux
  Domaine : Modèles concurrents, représentation des connaissances, analyse et simulation numériques de réseaux
  Tutelles:
  url : https://www.lri.fr/equipe.php?eq=4

Paris

• DIENS, Équipe ANTIQUE
  Contact : Jérôme Féret
  Domaine : Interprétation abstraite, analyse statique, modélisation à base de règles
  url : http://www.di.ens.fr/AntiqueTeam.html.fr
• IBENS, Équipe CSB
  Contact : Denis Thieffry
  Domaine : Modèles Booléens et multivalués, analyses de données omiques
  Tutelles: ENS, CNRS (INSB), INSERM
  url : https://www.ibens.ens.fr/csb
• INRIA, Équipe TAPDANCE
  Contact: Damien Woods
  Domaine : Calcul naturel, auto-assemblage, automates cellulaires
  url : https://www.inria.fr/equipes/tapdance
• Institut Curie, Équipe U900, Computational Systems Biology of Cancer
  Contact : Laurence Calzone
  Domaine : Modèles booléens, modèles stochastique, simulations numériques
  url : http://sysbio.curie.fr
• INSERM U1138, Équipe KROEMER
  Contact : Gautier Stoll
  Domaine : simulations logiques stochastiques
  url : http://www.crc.jussieu.fr/guido_kroemer2.html
• IRCAM, Équipe MRT
  Contact : Jean-Louis Giavitto
  Domaine : Programmation spatiale, calcul amorphe, simulations numériques, biologie synthétique
  url : http://repmus.ircam.fr/giavitto
• IRIF, Équipe ADG
  Contact : Nicolas Schabanel
  Domaine : Systèmes dynamiques, théorie des graphes, automates cellulaires, complexité
  url : https://www.irif.univ-paris-diderot.fr/equipes/adg/index
• IRIF, Équipe PPS
  Contact : Jean Krivine
  Domaine : Modélisation à base de règles, modèles discrets
  url : http://www.irif.univ-paris-diderot.fr/~jkrivine
• LACL, Équipe LCP
  Contact : Olivier Michel
  Domaine : Programmation spatiale, calcul amorphe, simulations numériques
  url : http://www.lacl.fr/fr/lcp
• MAS, Équipe LOGIMAS
  Contact : Pascale Le Gall
  Domaine : Méthodes formelles, analyse, test, vérification
  url : http://www.mas.ecp.fr/cms/lang/fr/home/recherche_mas/equipes/logimas
• Inria / Institut Pasteur, Equipe InBio
  Contact : Gregory Batt
  Domaine : Biologie computationnelle, Biologie des systèmes, Biologie de synthèse, Modèles déterministes et stochastiques, Hétérogénéité cellulaire et dynamique de populations
  url : https://research.pasteur.fr/en/team/inbio/
  Tutelles: Inria

Rennes

• IRISA, Équipe Dyliss
  Contact : Anne Siegel
  Domaine : Réseaux métaboliques, Microbiome, Intégration multi-échelle, modèles booléens, Web sémantique
  url : https://www-dyliss.irisa.fr
  Tutelles: Université de Rennes 1, Inria, CNRS (INS2I)

Saclay

• INRIA, Équipe Lifeware
  Contact : François Fages
  Domaine : Vérification et synthèse de paramètres, programmation par contraintes, réduction, liens structure/dynamique
  url : http://lifeware.inria.fr
• LIX, Équipe AMIB
  Contact : Mireille Régnier
  Domaine : Modélisation métabolique
  url : https://team.inria.fr/amib/fr

Tours

• PRC INRAE, équipe BIOS
  Contact: Romain Yvinec
  Domaine: réseaux signalisation cellulaire des récepteurs couplés aux protéines G, modélisation dynamique déterministe et stochastique (ODE,CTMC), inférence de paramètres
  Tutelles: INRAAE, CNRS, Université de Tours
  url: http://bios.tours.inra.fr/bios_group