Membres
Nous présentons ici les différents laboratoires et équipes de recherche affiliés au groupe Bioss, par ordre alphabétique sur les villes.
Bordeaux
- Inria, Équipe Pleiade
Contact : David Sherman
Domaine : Systèmes dynamiques - Réseaux métaboliques - Écologie des systèmes - Génomique comparée - Optimisation combinatoire - Géométrie computationelle - Gestion de connaissances
Tutelles : Inria - INRAE - CNRS
URL : https://team.inria.fr/pleiade - LaBRI, Équipe Image et Son
Contact : Marie Beurton-Aimar
Domaine : Analyse et visualisation de réseaux métaboliques, modélisation et simulation multi-agents, et apprentissage.
url : http://www.labri.fr/index.php?n=ImageSon.ImageSon - LaBRI, Département Méthodes Formelles
Contact : Loïc Paulevé
Domaine : Réseaux booléens, synthèse de modèles formels, programmation logique, reprogrammation cellulaire
Tutelles: Univ Bordeaux, CNRS (INS2I), Bordeaux INP
url : https://www.labri.fr/methodes-et-modeles-formels
Évry
- IBISC, Équipe COSMO
Contact : Franck Delaplace
Domaine : Modèles concurrents, réseaux de Petri, réseaux booléens, langages de modélisation et de programmation
Tutelles: Université Paris-Saclay
url : https://www.ibisc.univ-evry.fr/cosmo
Grenoble
- INRIA, Équipe IBIS
Contact : Hidde de Jong
Domaine : Biologie systémique et synthétique bactérienne, intégration de données, systèmes dynamiques, théorie du contrôle, modèles stochastiques d'expression génique et de populations analyse et simulation numériques
Tutelles: Inria, Université Grenoble Alpes, CNRS
url : http://team.inria.fr/ibis - TIMC-IMAG, Équipe BCM
Contact : Éric Fanchon
Domaine : Modèles discrets, programmation logique, systèmes dynamiques continus et hybrides
url : http://www-timc.imag.fr/rubrique44.html
Jouy en Josas
- INRAE, Unité MaIAGE
Contact : Laurent Tournier
Domaine : Systèmes dynamiques, iBiologie des Systèmes
url : https://maiage.jouy.inra.fr
Lille
- CRIStAL, équipe BioComputing
Contact : Cédric Lhoussaine
Domaine : Analyse statique, Apprentissage, Réseaux métaboliques, Réseaux de réactions
Tutelles: CNRS (INS2I), Université de Lille, Centrale Lille, IMT Lille Douai
url : http://cristal.univ-lille.fr/BioComputing - CRIStAL, Équipe Calcul Formel et Haute Performance
Contact : François Boulier
Domaine : Calcul symbolique
Tutelles: CNRS (INS2I), Université de Lille, Centrale Lille, IMT Lille Douai
url : http://cristal.univ-lille.fr/CFHP\
Lyon
- LBMC, Équipe SBDM
Contact : Olivier Gandrillon
Domaine : Prise de décision à l'échelle cellulaire
url : http://www.ens-lyon.fr/LBMC/equipes/systems-biology-of-decision-making
Tutelles: CNRS, ENS Lyon, Université de Lyon 1, Inserm - LBBE, Équipe ERABLE
Contact : Marie-France Sagot
Domaine : Intégration de données, réseaux métaboliques
url : https://team.inria.fr/erable/en/team-members
Tutelles: Inria, CNRS, INSA Lyon - LIP, Équipe MC2
Contact : Nicolas Schabanel
Domaine : Nanostructures ADN et Calcul moléculaire
url : http://www.ens-lyon.fr/LIP/MC2
Tutelles: ENS Lyon, CNRS, Université Lyon 1 - LIP, Équipe PLUME
Contact : Russ Harmer
Domaine : Modélisation à base de règles
url : http://www.ens-lyon.fr/LIP/PLUME
Tutelles: ENS Lyon, CNRS, Université Lyon 1 - LIRIS, Équipe BEAGLE
Contact : Guillaume Beslon
Domaine : Évolution artificielle, dynamique inter-cellulaire
url : https://team.inria.fr/beagle/
Tutelles: Inria, INSA Lyon, Université Lyon 1
Marseille
- I2M, Équipe GDAC
Contact : Pierre Guillon
Domaine : Systèmes dynamiques, pavages, automates cellulaires
url : https://www.i2m.univ-amu.fr/Equipe-Geometrie-Dynamique-Arithmetique - I2M, Équipe Mabios
Contact : Élisabeth Remy
Domaine : Modèles logiques, graphes biologiques, systèmes dynamiques discrets
url : http://mabios.math.cnrs.fr
Tutelles: AMU, CNRS, École Centrale Marseille - LIS (UMR7020), Équipe CANA
Contact : Sylvain Sené
Domaine : Calcul naturel, systèmes dynamiques, réseaux d'interactions, automates cellulaires
Tutelles: AMU, CNRS (INS2I)
url : https://cana.lis-lab.fr - MMG, Equipe NSBD
Contact : Anaïs Baudot
Domaine : Intégration de données, réseaux d’interactions biologiques multi-couches, analyse de données omiques
Tutelles: AMU, INSERM
url : https://www.marseille-medical-genetics.org/a-baudot - MIO, Équipe EMBIO
Contact : David Nerini
Domaine : Systèmes dynamiques, systèmes lents-rapides, dynamique adaptative, analyse de données fonctionnelles
url : http://www.mio.univ-amu.fr/?-Equipe-5-Ecologie-Marine-et-
Montpellier
- DIMNP, Équipe Biophysique théorique et biologie des systèmes
Contact : Ovidiu Radulescu
Domaine : Réduction de modèles
Tutelles:
url : https://lphi.umontpellier.fr/fr/les-equipes/biophysique-theorique-et-biologie-des-systemes
Nancy
- LORIA, Équipe CARTE
Contact : Emmanuel Jeandel
Domaine : Systèmes dynamiques, complexité, calculabilité
url : http://carte.loria.fr/
Nantes
- IRCCyN, Équipe MÉFORBIO
Contact : Olivier Roux
Domaine : Modèles concurrents, réseaux d'interactions, formalisation des conniassances, programmation logique
Tutelles: CNRS, Université de Nantes, Centrale Nantes, IMT Atlantique
url : https://www.ls2n.fr/equipe/meforbio/ - LINA, Équipe COMBI
Contact : Damien Eveillard
Domaine : modèles écologiques, modèles métaboliques, analyse et modélisation statique, combinatoire.
Tutelles: CNRS, Université de Nantes, Centrale Nantes, IMT Atlantique (partenaire INRIA)
url : https://www.ls2n.fr/equipe/combi
Nice
- I3S, Équipe SPARKS
Contact : Jean-Paul Comet
Domaine : Réseaux discrets, méthodes formelles, vérification, systèmes dynamiques
Tutelles: Université Côte d'Azur, CNRS (INS2I)
url : http://www.i3s.unice.fr/sparks - I3S, Équipe MDSC
Contact : Enrico Formenti
Domaine : Réseaux booléens, méthodes formelles, systèmes dynamiques, automates cellulaires
Tutelles: Université Côte d'Azur, CNRS (INS2I)
url : http://www.i3s.unice.fr/mdsc - INRIA, Équipe BIOCORE
Contact : Madalena Chaves
Domaine : Modèles booléens, contrôle, réduction
Tutelles: Inria
url : https://team.inria.fr/biocore
Orsay
- LRI, Équipe BIOINFO
Contact : Christine Froidevaux
Domaine : Modèles concurrents, représentation des connaissances, analyse et simulation numériques de réseaux
Tutelles:
url : https://www.lri.fr/equipe.php?eq=4
Paris
- DIENS, Équipe ANTIQUE
Contact : Jérôme Féret
Domaine : Interprétation abstraite, analyse statique, modélisation à base de règles
url : http://www.di.ens.fr/AntiqueTeam.html.fr - IBENS, Équipe CSB
Contact : Denis Thieffry
Domaine : Modèles Booléens et multivalués, analyses de données omiques
Tutelles: ENS, CNRS (INSB), INSERM
url : https://www.ibens.ens.fr/csb - INRIA, Équipe TAPDANCE
Contact: Damien Woods
Domaine : Calcul naturel, auto-assemblage, automates cellulaires
url : https://www.inria.fr/equipes/tapdance - Institut Curie, Équipe U900, Computational Systems Biology of
Cancer
Contact : Laurence Calzone
Domaine : Modèles booléens, modèles stochastique, simulations numériques
url : http://sysbio.curie.fr - INSERM U1138, Équipe KROEMER
Contact : Gautier Stoll
Domaine : simulations logiques stochastiques
url : http://www.crc.jussieu.fr/guido_kroemer2.html - IRCAM, Équipe MRT
Contact : Jean-Louis Giavitto
Domaine : Programmation spatiale, calcul amorphe, simulations numériques, biologie synthétique
url : http://repmus.ircam.fr/giavitto - IRIF, Équipe ADG
Contact : Nicolas Schabanel
Domaine : Systèmes dynamiques, théorie des graphes, automates cellulaires, complexité
url : https://www.irif.univ-paris-diderot.fr/equipes/adg/index - IRIF, Équipe PPS
Contact : Jean Krivine
Domaine : Modélisation à base de règles, modèles discrets
url : http://www.irif.univ-paris-diderot.fr/~jkrivine - LACL, Équipe LCP
Contact : Olivier Michel
Domaine : Programmation spatiale, calcul amorphe, simulations numériques
url : http://www.lacl.fr/fr/lcp - MAS, Équipe LOGIMAS
Contact : Pascale Le Gall
Domaine : Méthodes formelles, analyse, test, vérification
url : http://www.mas.ecp.fr/cms/lang/fr/home/recherche_mas/equipes/logimas - Inria / Institut Pasteur, Equipe InBio
Contact : Gregory Batt
Domaine : Biologie computationnelle, Biologie des systèmes, Biologie de synthèse, Modèles déterministes et stochastiques, Hétérogénéité cellulaire et dynamique de populations
url : https://research.pasteur.fr/en/team/inbio/
Tutelles: Inria
Rennes
- IRISA, Équipe Dyliss
Contact : Anne Siegel
Domaine : Réseaux métaboliques, Microbiome, Intégration multi-échelle, modèles booléens, Web sémantique
url : https://www-dyliss.irisa.fr
Tutelles: Université de Rennes 1, Inria, CNRS (INS2I)
Saclay
- INRIA, Équipe Lifeware
Contact : François Fages
Domaine : Vérification et synthèse de paramètres, programmation par contraintes, réduction, liens structure/dynamique
url : http://lifeware.inria.fr - LIX, Équipe AMIB
Contact : Mireille Régnier
Domaine : Modélisation métabolique
url : https://team.inria.fr/amib/fr
Tours
- PRC INRAE, équipe BIOS
Contact: Romain Yvinec
Domaine: réseaux signalisation cellulaire des récepteurs couplés aux protéines G, modélisation dynamique déterministe et stochastique (ODE,CTMC), inférence de paramètres
Tutelles: INRAAE, CNRS, Université de Tours
url: http://bios.tours.inra.fr/bios_group