Composition du groupe

Nous présentons ici les différents laboratoires et équipes de recherche affiliés au groupe Bioss, par ordre alphabétique sur les villes.

Bordeaux

  • Inria, Équipe Pleiade
    Contact : David Sherman
    Domaine : Systèmes dynamiques - Réseaux métaboliques - Écologie des systèmes - Génomique comparée - Optimisation combinatoire - Géométrie computationelle - Gestion de connaissances
    Tutelles : Inria - INRAE - CNRS
    URL : https://team.inria.fr/pleiade
  • LaBRI, Équipe Image et Son
    Contact : Marie Beurton-Aimar
    Domaine : Analyse et visualisation de réseaux métaboliques, modélisation et simulation multi-agents, et apprentissage.
    url : http://www.labri.fr/index.php?n=ImageSon.ImageSon
  • LaBRI, Département Méthodes Formelles
    Contact : Loïc Paulevé
    Domaine : Réseaux booléens, synthèse de modèles formels, programmation logique, reprogrammation cellulaire
    Tutelles: Univ Bordeaux, CNRS (INS2I), Bordeaux INP
    url : https://www.labri.fr/methodes-et-modeles-formels

Évry

  • IBISC, Équipe COSMO
    Contact : Franck Delaplace
    Domaine : Modèles concurrents, réseaux de Petri, réseaux booléens, langages de modélisation et de programmation
    Tutelles: Université Paris-Saclay
    url : https://www.ibisc.univ-evry.fr/cosmo

Grenoble

  • INRIA, Équipe IBIS
    Contact : Hidde de Jong
    Domaine : Biologie systémique et synthétique bactérienne, intégration de données, systèmes dynamiques, théorie du contrôle, modèles stochastiques d'expression génique et de populations analyse et simulation numériques
    Tutelles: Inria, Université Grenoble Alpes, CNRS
    url : http://team.inria.fr/ibis
  • TIMC-IMAG, Équipe BCM
    Contact : Éric Fanchon
    Domaine : Modèles discrets, programmation logique, systèmes dynamiques continus et hybrides
    url : http://www-timc.imag.fr/rubrique44.html

Jouy en Josas

  • INRAE, Unité MaIAGE
    Contact : Laurent Tournier
    Domaine : Systèmes dynamiques, iBiologie des Systèmes
    url : https://maiage.jouy.inra.fr

Lille

  • CRIStAL, équipe BioComputing
    Contact : Cédric Lhoussaine
    Domaine : Analyse statique, Apprentissage, Réseaux métaboliques, Réseaux de réactions
    Tutelles: CNRS (INS2I), Université de Lille, Centrale Lille, IMT Lille Douai
    url : http://cristal.univ-lille.fr/BioComputing
  • CRIStAL, Équipe Calcul Formel et Haute Performance
    Contact : François Boulier
    Domaine : Calcul symbolique
    Tutelles: CNRS (INS2I), Université de Lille, Centrale Lille, IMT Lille Douai
    url : http://cristal.univ-lille.fr/CFHP

Lyon

Marseille

  • I2M, Équipe GDAC
    Contact : Pierre Guillon
    Domaine : Systèmes dynamiques, pavages, automates cellulaires
    url : https://www.i2m.univ-amu.fr/Equipe-Geometrie-Dynamique-Arithmetique
  • I2M, Équipe Mabios
    Contact : Élisabeth Remy
    Domaine : Modèles logiques, graphes biologiques, systèmes dynamiques discrets
    url : http://mabios.math.cnrs.fr
    Tutelles: AMU, CNRS, École Centrale Marseille
  • LIS (UMR7020), Équipe CANA
    Contact : Sylvain Sené
    Domaine : Calcul naturel, systèmes dynamiques, réseaux d'interactions, automates cellulaires
    Tutelles: AMU, CNRS (INS2I)
    url : https://cana.lis-lab.fr
  • MMG, Equipe NSBD
    Contact : Anaïs Baudot
    Domaine : Intégration de données, réseaux d’interactions biologiques multi-couches, analyse de données omiques
    Tutelles: AMU, INSERM
    url : https://www.marseille-medical-genetics.org/a-baudot
  • MIO, Équipe EMBIO
    Contact : David Nerini
    Domaine : Systèmes dynamiques, systèmes lents-rapides, dynamique adaptative, analyse de données fonctionnelles
    url : http://www.mio.univ-amu.fr/?-Equipe-5-Ecologie-Marine-et-

Montpellier

Nancy

  • LORIA, Équipe CARTE
    Contact : Emmanuel Jeandel
    Domaine : Systèmes dynamiques, complexité, calculabilité
    url : http://carte.loria.fr/

Nantes

  • IRCCyN, Équipe MÉFORBIO
    Contact : Olivier Roux
    Domaine : Modèles concurrents, réseaux d'interactions, formalisation des conniassances, programmation logique
    Tutelles: CNRS, Université de Nantes, Centrale Nantes, IMT Atlantique
    url : https://www.ls2n.fr/equipe/meforbio/
  • LINA, Équipe COMBI
    Contact : Damien Eveillard
    Domaine : modèles écologiques, modèles métaboliques, analyse et modélisation statique, combinatoire.
    Tutelles: CNRS, Université de Nantes, Centrale Nantes, IMT Atlantique (partenaire INRIA)
    url : https://www.ls2n.fr/equipe/combi

Nice

  • I3S, Équipe SPARKS
    Contact : Jean-Paul Comet
    Domaine : Réseaux discrets, méthodes formelles, vérification, systèmes dynamiques
    Tutelles: Université Côte d'Azur, CNRS (INS2I)
    url : http://www.i3s.unice.fr/sparks
  • I3S, Équipe MDSC
    Contact : Enrico Formenti
    Domaine : Réseaux booléens, méthodes formelles, systèmes dynamiques, automates cellulaires
    Tutelles: Université Côte d'Azur, CNRS (INS2I)
    url : http://www.i3s.unice.fr/mdsc
  • INRIA, Équipe BIOCORE
    Contact : Madalena Chaves
    Domaine : Modèles booléens, contrôle, réduction
    Tutelles: Inria
    url : https://team.inria.fr/biocore

Orsay

  • LRI, Équipe BIOINFO
    Contact : Christine Froidevaux
    Domaine : Modèles concurrents, représentation des connaissances, analyse et simulation numériques de réseaux
    Tutelles:
    url : https://www.lri.fr/equipe.php?eq=4

Paris

  • DIENS, Équipe ANTIQUE
    Contact : Jérôme Féret
    Domaine : Interprétation abstraite, analyse statique, modélisation à base de règles
    url : http://www.di.ens.fr/AntiqueTeam.html.fr
  • IBENS, Équipe CSB
    Contact : Denis Thieffry
    Domaine : Modèles Booléens et multivalués, analyses de données omiques
    Tutelles: ENS, CNRS (INSB), INSERM
    url : https://www.ibens.ens.fr/csb
  • INRIA, Équipe TAPDANCE
    Contact: Damien Woods
    Domaine : Calcul naturel, auto-assemblage, automates cellulaires
    url : https://www.inria.fr/equipes/tapdance
  • Institut Curie, Équipe U900, Computational Systems Biology of Cancer
    Contact : Laurence Calzone
    Domaine : Modèles booléens, modèles stochastique, simulations numériques
    url : http://sysbio.curie.fr
  • INSERM U1138, Équipe KROEMER
    Contact : Gautier Stoll
    Domaine : simulations logiques stochastiques
    url : http://www.crc.jussieu.fr/guido_kroemer2.html
  • IRCAM, Équipe MRT
    Contact : Jean-Louis Giavitto
    Domaine : Programmation spatiale, calcul amorphe, simulations numériques, biologie synthétique
    url : http://repmus.ircam.fr/giavitto
  • IRIF, Équipe ADG
    Contact : Nicolas Schabanel
    Domaine : Systèmes dynamiques, théorie des graphes, automates cellulaires, complexité
    url : https://www.irif.univ-paris-diderot.fr/equipes/adg/index
  • IRIF, Équipe PPS
    Contact : Jean Krivine
    Domaine : Modélisation à base de règles, modèles discrets
    url : http://www.irif.univ-paris-diderot.fr/~jkrivine
  • LACL, Équipe LCP
    Contact : Olivier Michel
    Domaine : Programmation spatiale, calcul amorphe, simulations numériques
    url : http://www.lacl.fr/fr/lcp
  • MAS, Équipe LOGIMAS
    Contact : Pascale Le Gall
    Domaine : Méthodes formelles, analyse, test, vérification
    url : http://www.mas.ecp.fr/cms/lang/fr/home/recherche_mas/equipes/logimas
  • Inria / Institut Pasteur, Equipe InBio
    Contact : Gregory Batt
    Domaine : Biologie computationnelle, Biologie des systèmes, Biologie de synthèse, Modèles déterministes et stochastiques, Hétérogénéité cellulaire et dynamique de populations
    url : https://research.pasteur.fr/en/team/inbio/
    Tutelles: Inria

Rennes

  • IRISA, Équipe Dyliss
    Contact : Anne Siegel
    Domaine : Réseaux métaboliques, Microbiome, Intégration multi-échelle, modèles booléens, Web sémantique
    url : https://www-dyliss.irisa.fr
    Tutelles: Université de Rennes 1, Inria, CNRS (INS2I)

Saclay

  • INRIA, Équipe Lifeware
    Contact : François Fages
    Domaine : Vérification et synthèse de paramètres, programmation par contraintes, réduction, liens structure/dynamique
    url : http://lifeware.inria.fr
  • LIX, Équipe AMIB
    Contact : Mireille Régnier
    Domaine : Modélisation métabolique
    url : https://team.inria.fr/amib/fr

Tours

  • PRC INRAE, équipe BIOS
    Contact: Romain Yvinec
    Domaine: réseaux signalisation cellulaire des récepteurs couplés aux protéines G, modélisation dynamique déterministe et stochastique (ODE,CTMC), inférence de paramètres
    Tutelles: INRAAE, CNRS, Université de Tours
    url: http://bios.tours.inra.fr/bios_group